Motoko Kusanagi, también conocida como "the Major" Mira Killian, es la líder de grupo de operaciones cuyo objetivo es luchar contra el ciberterrorismo y los crímenes tecnológicos. Al mando de esta unidad de operaciones encubiertas está Aramaki, y destaca Batou, un exmilitar considerado como uno de los agentes más salvajes del grupo. Pero, después de un peligrosa misión, el cuerpo de Kusanagi queda dañado y, ante la imposibilidad de salvarlo, es sometida a una operación quirúrgica para trasplantar su cerebro en un cuerpo robótico. Este nuevo cuerpo artificial le permitirá ser capaz de realizar hazañas sobrehumanas especialmente requeridas para su trabajo.