Las máquinas avanzan imparables hacia Zion en su afán por destruir a toda la humanidad y todas las naves se preparan para la dura batalla. Neo junto con Morfeo y Trinity buscan el camino del elegido dentro de Matrix para vencer a las máquinas y se encuentran con dificultades inesperadas: el agente Smith ha vuelto, y no solo eso, otros programas dentro de Matrix intentarán acabar con su misión. Mientras tanto Neo se tendrá que adaptar a la vida real y a la fama de ser el elegido.