S. Darko sigue la vida de Samantha Darko, la hermana pequeña de Donnie, el protagonista de Donnie Darko, y su amigo Corey. De viaje a California, su coche se estropea y los fuerza a esperar en un pequeño pueblo hasta que lo arreglen. Samantha empieza entonces a tener sueños que la alertan del fin del universo.