Tres historias en un mismo juego. Como un alien, defiende tu nido del ataque de unos marines y consigue llegar hasta su nave nodriza. Como marine, resiste al ataque alien en unas instalaciones científicas en LV-426; cuando crees que has conseguido escapar, te enfrentarás a nuevos tipos de enemigos... Como predator, acude a una base humana para recuperar una nave predator. Durante la operación, un accidente hace que se liberen los aliens con los que experimentaban, no será fácil salir con vida.