La nave estelar USG Ishimura envía una señal de dificultades a la compañía minera Concordance Extraction Corporation durante una misión de extracción en el planeta Aegis VII. Otra nave es enviada para investigar el caso. Durante el acople con la Ishimura, algo falla y se produce un accidente, sólo sobreviven tres personas, entre ellos Isaac Clark, a quien controlamos. La Ishimura está gravemente dañada y su tripulación desaparecida, algo terrible ha ocurrido...