Tras hundir Jacinto para inundar el mundo subterráneo de la horda Locust, los C.O.G. deben realojar a toda la población en su antigua fortaleza en la isla de Vectes. Pero la creciente amenaza de los Lambent también los obliga a abandonarla. Como resultado, los C.O.G. han sido descompuestos en pequeñas comunidades para evitar la atención de los Lambent. El juego comienza en el momento que el Sargento Marcus Fenix, líder del Escuadrón Delta, se encuentra a bordo de la flotilla que busca un nuevo alojamiento para los supervivientes.