El Jefe Maestro ha retornado a La Tierra. Enseguida se le requiere: pese a las precauciones tomadas, los covenant han descubierto el planeta natal de la humanidad y están lanzando su ataque contra él. Por alguna razón, su ejército es mucho más pequeño de lo esperado. Para resolver este misterio, To solve this mystery, Jefe Maestro debe retornar al espacio y aprender más sobre los misterioros anillos Halo y su constructor.

Mientras tanto, el covenant que estaba al mando durante la defensa del anillo destruído en la anterior entrega del juego es condenado por su fracaso. Sin embargo, los grandes profetas le dan una segunda oportunidad. Lo nombran arbitrador, un agente con poderes especiales que debe realizar misiones de gran dificultad. Su deber será intentar frenar las deserciones y rebeliones que están teniendo lugar entre los covenant.