La Agencia aparentemente ha traicionado a Gabe Logan y lo ha enviado a la base de misiles intercontinentales que contiene el virus Syphon Filter en Kazajistán. Por si eso no fuera poco, también han capturado a su compañera Lian Xing que está infectada por el virus. Cuando Gabe y otros compañeros buscan refugiarse de La Agencia, su avión es derribado en las Montañas del Colorado. A partir de ese momento tomaremos alternativamente el control de ambos protagonistas para descubrir cuál es la verdadera naturaleza de los hechos.