Juego de infiltración, en tercera persona, con ciertas similitudes a la saga Metal Gear. Toma el control de Sam Fisher, un agente de la organización secreta NSA Black Operation, al servicio del gobierno de los Estados Unidos. La organización toma parte en asuntos muy sensibles y normalmente emplea al grupo del que forma parte Sam Fisher. Sus misiones son tan discretas que si alguna vez son capturados, el gobierno negará cualquier clase de conocimiento sobre su existencia...