Diez años después de los hechos narrados en Lost Planet, gracias a las acciones de Wayne, el planeta EDN III ya no es un planeta helado. Han aparecido frondosas junglas con torrentes de agua y desiertos de arena. Pero la vida en EDN III sigue siendo difícil. Los akrid siguen siendo una amenaza seria y NEVEC está trabajando en un nuevo plan malvado mientras las otras facciones están enfrentadas en una guerra civil para lograr el control de energía térmica.