Tres años tras los hechos narrados en Metal Gear, Foxhound descubre que una nación hostil de Oriente Próximo puede haber obtenidos los planos de los Metal Gear y planea construir un nuevo modelo. Solid Snake, responsable de la destrucción de los Metal Gear, recibe órdenes para liderar un equipo de tres hombres que deberá infiltrarse en la base enemiga para confirmar la amenaza y, en caso necesario, destruir todo rastro de los Metal Gear.