La invasión soviética de Afganistán ha traído una nueva era a la Guerra Fría, y en 1984, un hombre tuerto y con un brazo protésico aparece en el campo. Los que lo conocen lo llaman Snake, el legendario mercenario que fue borrado de la historia por la agencia de inteligencia privada americana Cipher. Ahora, el ex-compañero de Snake, Kazuhira Miller es retenido por las tropas soviéticas en Afganistán. Snake debe afrontar una misión en solitario para rescatar a Miller y demostrar al mundo que el legendario mercenario no está muerto.