Murphy Pendleton ha estado encarcelado algunos años, de hecho su condena original fue ampliada. Debido a su historial en la Prisión Ryall, está siendo trasladado a la cercana penitenciaría de máxima seguridad Wayside cuando un accidente interrumpe el viaje. Tras despertar en un bosque, cerca del autobús accidentado, Murphy disfruta por fin de una bocanada de libertad. No tarda en llegar a la silenciosa ciudad de Silent Hill donde sus misteriosos habitantes le dan la bienvenida a un infierno muy particular.