La historia del juego se centra en Harry Mason, su llegada a Silent Hill y su intento de encontrar a su hija adoptiva, Cheryl Mason. Durante el progreso del juego, Harry descubre que Cheryl tiene un pasado perturbador mientras los detalles de su origen son revelados. Tambien se encuentra con Cybil Bennett, una policia que ayuda a Harry a encontrar a Cheryl en el maligno pueblo de Silent Hill.