Tras la derrota de los Xenities durante el Primer Conflicto Galáctico narrado en el primer Xenon, éstos retornan con un plan para borrar la historia de nuestro protagonista plantando cuatro bombas en lugares del contínuo espacio-tiempo. Como pilotos de la nave Megablast, deberemos visitar cada uno de esos lugares y destruir a una criatura gigantesca a la que los Xenities han fusionado sus bombas.