En el año 2012 Desmond Miles, un camarero normal y corriente, es abducido por una misteriosa organización. Sus captores lo conectan a un extraño dispositivo llamado Animus que le permite acceder a la memoria de uno de sus antecesores llamado Altaïr. Tras acceder a la memoria de Altaïr, Desmond es capaz de experimentar hechos que ocurrieron en Tierra Santa durante el año 1191, época de las terceras cruzadas. Al Mualim, líder de los asesinos, ordena a Altaïr que mate a nueve prominentes figuras históricas quienes, supuestamente, permiten que la guerra y la corrupción habite en Tierra Santa.