Tras la apertura del portal interdimensional ocurrida en Half life, La Tierra fue invadida por las fuerzas alienígenas en lo que se conoció como La guerra de las siete horas. Una enorme fortaleza se erige ahora en Ciudad 17, al Este de Europa, donde el Dr. Wallace Breen gobierna en nombre de los nuevos líderes alienígenas. La ciudad no es más que un campo de concentración.

Gordon Freeman, protagonista de la primera entrega, despierta de su coma y es introducido en un tren con destino a Ciudad 17 por el misterioso Hombre-G. Al llegar, la resistencia contacta con él...