Como cada mañana, Gordon Freeman va a trabajar al laboratorio secreto de Black Mesa. Pero ese día algo ocurre en la cámara de pruebas cuando se está realizando un experimento. Un portal interdimensional se abre y alienígenas del planeta Xen invaden las instalaciones. Gordon debe escapar, primero de los alienígenas y luego de los soldados que intentan contener la invasión extraterrestre.