Mario está pasando las vacaciones en Dinosaur Land cuando se entera de que la Princesa Peach Toadstool ha sido secuestrada por el malvado Rey Koopa Bowser. Nada más comenzar su búsqueda, Mario descubre un huevo gigante del que sale un dinosaurio llamado Yoshi. Yoshi le cuenta a Mario que todos sus amigos dinosaurios han sido encerrados en huevos por los secuaces de Bowser. El intrépido fontanero parte entonces en búsqueda de la princesa, al rescate de los dinosaurios y, en definitiva, para derrotar al propio Rey Koopa.